Усташка претходница, састављена од припадника локалног становништва, преузела је власт у Орахови већ око 12. априла 1941. године. Они су дочекивали припаднике краљеве војске, разоружавали их и, ако су били Срби, лишавали их слободе.
Као што је у скоро свим муслиманским и хрватским селима усташка власт дочекана са одобравањем и одушевљењем, тако је било и у Орахови. Она ће постати једно од усташких упоришта између Босанске Градишке и Босанске Дубице. На хрватској обали ријеке Саве, у близини Орахове, налази се село Млака. Оно је било дио комплекса логора Јасеновац. Усташе из Млаке и околине знале су често прелазити Саву у својим крвавим походима на српска села око Градишке. У томе су им помагали многи мјештани из Орахове.
Током илинданских покоља српског становништва у Независној Држави Хрватској, љета 1941. године, на подручју саме Орахове није било много страдалника. У току читавог Другог свјетског рата на подручју тог мјеста, по до сада познатим подацима, страдао је укупно 331 становник. Од тога броја Срба је било 300, а 31 муслиман.
Власт НДХ у Орахови одржала се до пред крај 1941. године. Српски устаници под вођством КПЈ, до краја те године, овладали су великим дијелом Козаре. Због снажног притиска на сектор око Орахове и ослобођења села Турјак и Подградци, 27. децембра 1941. године Орахову су напустили усташе, домобрани и оружници (жандари). То су одмах сутрадан искористиле снаге Другог крајишког НОП одреда (КНОП) да са једним водом уђу у Орахову.
Резерва
Ипак, морамо са резервом прихватити скоро идиличну слику дочека партизана од стране муслиманског становништва Орахове и њихово прихватање идеје “братства”, како је представљено у партизанским документима, јер нас на такав приступ упућују изјаве Срба који су преживјели Други свјетски рат. Мирко Цвијић из села Међеђе:
“Након рата није било освете према усташама. Ја сам са мајком отишао у сусједно муслиманско село Орахову, која је дала доста усташа, да нађем кацу за шљиве. Код Мустафе Лојића смо изнајмили кацу за новац, а послије видим да је то каца мога оца која је однесена када је кућа опљачкана, јер смо тада били одведени у логоре. Мене и мајку је било стид рећи да је то наша каца. Ја му платио што сам се послужио и вратио му кацу.”
Према изјавама свједока одмах након рата, које је забиљежила Земаљска комисија за утврђивање злочина окупатора и њихових помагача, усташе од краја 1941. године па све до офанзиве на Козару у љето 1942. године нису држале власт у Орахови. Партизани су још неколико пута до почетка офанзиве на Козару држали народне зборове у Орахови на којима је говорено о заједничкој борби и помагању. Тако нпр. у марту 1942. године око 200 становника Орахове је присуствовало народном збору.
Почетком велике офанзиве на српске устанике и цивиле на Козари, 10. јуна 1942. године, Орахова постаје једно од упоришта из којег се крећу јединице НДХ у нападу на Козару. Српско становништво из Орахове тада је избјегло у Козару, док је муслиманско углавном остало у селу.
Авијација
Изнад Орахове је први пут у току Другог свјетског рата дејствовала и партизанска авијација. Наиме, Фрањо Клуз је својим авионом дејствовао по хрватској војсци око Орахове.
Након офанзиве на Козару, до краја 1942. године није било значајнијих борби. У Орахови су се у другој половини 1942. године налазиле усташе у јачини двије сатније (чете). Усташе су повремено испадале из Орахове према српским селима и хватале преживјеле Србе.
На Козари се у првој половини 1943. године радило на организовању власти народноослободилачких одбора. Један од главних задатака тих одбора била је исхрана напаћеног становништва Козаре. Због великог страдања српског становништва и његовог масовног учешћа у устанку, недостајало је радне снаге која би сијала и жњела. Зато су за тај посао ангажовани и муслимани из Орахове. Они су одлазили у српска села са својим ралима и теглећим животињама и орали, углавном напуштену земљу, на тај начин помажући партизанима и српским цивилима.
Муслиманске ораче из Орахове похвалио је и Срески комитет КПЈ за Приједор: “Исто тако писати о сарадњи муслиманског живља са нашим Народом. Пример Муслимана из Орахове да иду орати у Рављанску општину треба изнијети да буде узор осталим Муслиманима како треба да раде.”
Оно што је прећуткивано, бар јавно, јесу злочини тих орача из Орахове у селима у која су ишли орати. О тим злочинима сазнајемо од преживјелих свједока из тих села. Један од свједока, Славко Ђекановић из села Међеђа, присјетио се тих догађаја:
“Иљаду девесто четерес и треће ми смо били овде на стражи код куће Ђекановића. Навече. Муслимани су били туј. Кокано организовали се да дођу орати нама по Ријеци. Ми смо били на стражи, и ти муслимани кад су отишли назад у Орахову, у зору око 3 сата довели су усташе да кољу по Ријеци, у тој кући Кецмановој. Ја и Марко Бабић смо били на стражи до 12 сати. Од 12 сати смијенила нас је Јагода Тривића, која је уваћена тада овде и силована. Мрцварили је и клали, нема шта од ње нису радили. У једној соби вамо је исто било, пуна соба сасјечених из пушкомитраљеза.”
Градишко-лијевчански одред је, током љета 1944. године, осигуравао пшеницу прикупљену на подручју рављанске општине (среза Босанска Дубица). Међутим, усташе из Јасеновца су крајем јула 1944. године упале на партизанску територију и ту пшеницу запалили. Прије тога су били обавијештени од једног муслимана из Орахове, који је био у партизанима, гдје се налазе партизанске снаге, а гдје ускладиштена пшеница.
Усташки испади из Орахове посебно су били окрутни на значајне хришћанске празнике:
„На Божић 7. јануара 1945. непријатељ је јачим снагама упао у нека села на нашем подручју. Затекли су доста народа код кућа. Само неки су успјели да онако боси и слабо обучени побјегну и избјегну покољ… Тада је страдало доста народа у Гуњевцима, Бијаковцу, Пуцарима и Серафлијама. Народу је било тешко побјећи, јер је непријатељ кренуо јачим снагама из два правца, из Босанске Дубице и Орахове и опколио села све до Војскове. Усташе су побиле много, углавном жена и дјеце… У нашем селу, Пуцарима, једној жени, из породице Стакић, извадили су очи. Из ове породице убили су и троје дјеце… Убили су и старог Милаћа Димића. Био је тешко болестан, па га је породица била склонила. Међутим, усташе су га пронашле и убиле…”
Тек 1. фебруара 1945. године снаге Двадесете КНОЈ бригаде напашће Орахову и протјерати усташе према Босанској Дубици. У борби су убијена два и рањена три усташка војника. У извјештају о том нападу се каже да је Орахову бранило свега 30 усташа. Вјероватно је један дио усташа раније напустио Орахову и прешао у Славонију или отишао у Босанску Дубицу. На основу изјава свједока, можемо претпоставити да се један дио усташа притајио у самом селу, представљајући се као цивили. У првом реду мислимо на оне Ораховљане који су орали по српским селима, а онда са усташама чинили злочине над српским сељацима.
Посљедњи сукоб
Из једног комунистичког извјештаја од 25. марта 1945. године сазнајемо да ни крајем рата ситуација у Орахови није било под апсолутном контролом партизана: “Општина Орахова на коју је до сад продирала власт и организација Дубичког среза, премда је то саставни дио нашег среза остала је, по страни НОП-а.”
Један од посљедњих сукоба између партизана и усташа у Орахови десио се 7. априла 1945. године. Наиме, Извиђачка чета Трећег батаљона Двадесете КНОУ бригаде направила је у Орахови засједу усташама. Поменутог дана наишла је једна усташка формација у јачини 40-50 усташа. Усташе су потпуно разбијене. Убијено је 20 усташа и два су заробљена. На партизанској страни није било губитака.